Das Kloster überstand die Säkularistationszeit, indem die Schwestern 1801 eine neue Aufgabe übernahmen, eine Schule für Mädchen: Volks-, Mittelschule und Lyzeum. 1869 wurde die Schule von ca. 700 Schülerinnen besucht. Unter dem Nationalsozialismus musste die Schule jedoch geschlossen werden.

1935 wurde die Anbetung für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Dafür wurde eigens ein Doppelaltar errichtet, sodass auf der hinteren Seite die Klausurschwestern, auf der vorderen Seite das Volk beten konnten. Damals, es war zu Heiligabend 1935, hat Kardinal Faulhaber die erste öffentliche Anbetungsstunde gehalten.

Der Zweite Weltkrieg bildet in der Geschichte des Klosters einen tiefen Einschnitt. Im April 1944 wurden Kirche und Kloster schwer beschädigt. Die Wiederaufbauarbeiten wurden jäh unterbrochen, als im November 1944 die völlige Zerstörung erfolgte. Die Schwestern fanden mit dem Allerheiligsten und der Statue der Schmerzhaften Mutter Zuflucht in der Klinik am Bavarairing und in Schönbrunn bei Dachau. Nur der hintere Turm über dem Gebetchor der Schwestern (Bild rechts; von der Straßenseite aus nicht sichtbar) blieb stehen. Kirche und Kloster mussten von Grund auf neu gebaut werden.

Nach vielen Mühen erfolgte 1955 die Einweihung. Die Kirche wurde zu Ehren der Schmerzhaften Mutter geweiht.

Die Kirche wurde sehr schlicht gehalten, allerdings so gestaltet, dass der Blick und die Aufmerksamkeit unmittelbar auf das Allerheiligste fallen. Der auffallend dunkel und schlicht gehaltene Raum ist geprägt vom Allerheiligsten, welches hinter einer farblich getönten Glaswand in der Altarwand ausgesetzt ist. Dahinter befindet sich der Betchor der Schwestern. Seit über 30 Jahren helfen Laien den Schwestern, den Dienst der ununterbrochenen Anbetung weiterzuführen. Zum Einen reagierten die Schwestern damit auf die zahlenmäßig kleiner werdende Gemeinschaft, zum Anderen wollte sie dadurch aber auch bewusst die Verbindung mit der Welt und den Menschen, die dem Kloster nahe stehen, stärken.

In der rechten Seitenkapelle befindet sich die Statue der Schmerzhaften Mutter, die Gnadenstatue, die 1651 vom Münchner Hofbildschnitzer Tobias Bader geschaffen wurde. Jahrhundertelang war das Gnadenbild Ziel von Wallfahrten aus München und Umgebung und heute noch kommen viele Menschen, um in Stille vor der Schmerzhaften Mutter zu beten.

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